Fratello del futuro Presidente della Repubblica Italiana, Eugenio fu colto a Genova (dove, vedovo, abitava con la figlia Diomira di 10 anni), dagli eventi del settembre 1943. Di sentimenti antifascisti, non si era però, fino ad allora, impegnato politicamente. Lo fece quando, nell’inverno, si diffuse la voce che il fratello Sandro era stato fucilato a Regina Coeli dai tedeschi. L’impegno di Eugenio nella Resistenza non durò molto.

Nell’aprile del 1944, mentre si trovava con la figlia in un ristorante genovese, fu arrestato e portato alla “Casa dello Studente“. Resistette agli interrogatori sotto tortura e, dopo qualche giorno, fu trasferito nel campo di Fossoli (MO). Seguì la deportazione nel campo di Bolzano e, il 5 settembre 1944, la partenza per il lager di Flossenbürg. Qui Eugenio morì poco prima che i deportati fossero liberati dagli Alleati. Secondo il racconto dei superstiti – riferito nell’Enciclopedia dell’antifascismo e della Resistenza – “le SS si accingevano ad evacuare il campo per sfuggire alla morsa incombente delle avanguardie alleate. Eugenio Pertini fu incolonnato con altri prigionieri. Claudicante, stremato dalle fatiche e dalle privazioni, non resse alla marcia. Più di una volta cadde e i compagni lo aiutarono a rialzarsi. Notato dalle SS, fu finito a colpi di fucile”. Portano il nome di Eugenio Pertini una via a Zimella (VR), Istituti scolastici e Circoli culturali a Verona, Varazze (SV), Trapani, Roma.